PHPからシェルコマンド実行するには

exec("/usr/bin/php file.php");  

非同期で実行するには

exec("nohup /usr/bin/php file.php > /dev/null 2>&1 &")

引数を渡したい場合

exec("/usr/bin/php file.php " . escapeshellarg($arg1) . " " . escapeshellarg($arg2));  

引数の受け取り側は

$arg1 = $argv[1];  
$arg2 = $argv[2];

コマンド実行結果を取得したい場合は、exec()の引数にarray &$output&$return_varを指定する。